21 Ocak 2015 Çarşamba

Nedensellik ve Korelasyon

RT-PCR üzerine bir yazı hazırlamaya başladım bu sıralar, ancak arada dikkatimi çeken ve bahsetmek istediğim bir şey var: istatistiksel yaklaşımın kötüye kullanımı. Bu yazıyı yazmama sebep olan durum da şu: yakın zamanda TÜBİTAK Başarı Öyküleri adlı bir kitapçık hazırladı ve burada yer alan projelerden biri çok açık bir şekilde istatistiksel bir yaklaşımın kötüye kullanımının açık bir örneğiydi. Projeye ilişkin detayları yazmayacağım, ancak dikkatli bir gözün bahsettiğim projeyi hemen farkedeceğini düşünüyorum. Böyle bir projenin başarı öyküsü listesine girmesi ise başka bir hikaye!

18 Ocak 2015 Pazar

Cezbedici Biyoinformatik 1 - Veri İşleme ve Linux'un Güzelliği


Çoğu bilgisayar programlamacısının programlamayı deli gibi sevdiklerini biliriz. Eğer severek planladıkları bir proje üzerinde çalışıyorlarsa bilgisayar başında saatlerini geçirirken ne acıkınca acıktıklarının farkına varırlar, ne de yanlarında olup bitenin. Çok iyi bir programlamacı sayılmasam da farkına varmadan 10 saat aralıksız kod başında zaman geçirmişliğim çok olmuştur ve bu ben de programlamayı bu denli sevenler arasına katabilirim kendimi. Peki ya programlayı veya Biyoinformatik'i bu kadar cezbedici kılan ne?


Bu sorunun tek bir cevabı yok elbette. Ama bence en büyük zevklerden biri “akıllıca ve kısaca bir kod ile çokça işler yapabiliyor olma yetisi”nde gizli. :) 100 milyar baz dizisinin her bir satırında istediğiniz değişikliği yalnızca 5-10 harflik bir kod ile bilgisayara anlatabiliyor, ve bu değişikliği 1 saniyede gerçekleştirebiliyor oluşunuz... Söylemesi bile zevk verici. Hele enter tuşuna bastıktan sonra o değişikliği izlemesi… :)


1 Ocak 2015 Perşembe

Yeni Yılda Durum Tespiti ve Özeleştiriler

Zaman sonsuz bir döngü ve buna rağmen bu döngüde bazı kırılma noktalarında daha keskin değişimler olmasını bekleriz. Yeni yılın da güzellikler, mutluluklar, başarılar ve huzur getirmesini diliyorum.

Bu blogu oluşturmaya başlayalı iki yıl olmuş. Bu süreç bana çok şey öğretti. Dünyanın en iyi yazarı değilim, yine de ortalamanın üzerinde olduğumu umuyorum. İşin kötüsü, kendimi kıyaslayabileceğim ve bu konularda Türkçe yazılmış başka bir kaynak neredeyse yok, bu nedenle kendimi hangi noktalarda geliştirmem gerektiğine ilişkin de yeterli ipucunu elde edebildiğim söylenemez. Yine de okunma istatistikleri ve yorumlara bakarak neler yapmam gerektiği konusunda fikirler edinmeye çalışıyorum.