27 Eylül 2014 Cumartesi

R ile Uygulamalı Veri Analizi-101(Duyuru)

Merhabalar, çeşitli sebeplerden ötürü yazmayalı bir hayli oldu. Fakat bu arayı kapatmak için çaba sarf edeceğim. Çeşitli yazılarımla teorik olarak anlattığım istatistiksel analizleri uygulamalı olarak bir yazı dizisinde gerçekleştirmek istiyorum. Bu uygulamalı aşamasında kullanmak istediğim Dünyada artık top listelerde yer alan ve analizlerin büyük bir çoğunluğun kullanıldığı, hesaplama gücü çok gelişmiş ve her gün gelişmekte olan R programlama dilinde yapıyor olacağım. 

Teorik olarak iyi bir alt yapıya sahip olunmadan uygulamanın bir felaket olacağını savunanlardanım. Bu nedenle önceki yazılarımı en azından anlatacağım konu başlığı altında olanları okumanız sizin için çok yararlı olacağını düşünüyorum. Zaman zaman teorik olarak ufak bir giriş yapıyor olsamda yazının %80'i uygulamalı olacak.


Almanya'da Verdiğim D3 Dersi

Uzun bir aradan sonra hepinize merhaba. Yazın gerçekleştirdiğimiz çalışmaları bir ürüne dönüştürmek adına çalışmaya devam ediyoruz, dönemin başlamasıyla da yoğunluklar eski seviyesine yükseldi. İki hafta önce ODTÜ'de ikincisi gerçekleştirilen biyoinformatik kursunda veri görselleştirmeyi ve çok yüzeysel bir şekilde de web tabanlı veri görselleştirmeyi anlattım, yaklaşık 4 saatlik bir zaman diliminde anlatılabileceği kadarıyla.

Veriyi görselleştirmek, her ne kadar Excel'de sütun grafiği çizmek gibi anlaşılsa da, bu sadece çok ama çok ufak bir kısım. Excel'in kabiliyetlerini küçümsüyor değilim, ancak olayın boyutlarının çok daha büyük olduğunu vurgulamak istiyorum. Uzun bir süredir de bu konu ilgimi çekiyor ve ciddi manada zaman ayırıyorum. Hatta bugün sizlerle paylaşacağım şey de bu zihin mesaisinin bir ürünü.

İzmir'de Mayıs ayında İYTE'de gerçekleştirilen ve benim de görüntüleme üzerine bir sunum yaptığım etkinlikte görüntüleme yaklaşımım çok beğenilmişti, ve Almanya'da biyolojik veri görüntüleme üzerine uzmanlaşmış bir çalışma grubundan kullandığım araçları onlara anlatmam için bir davet almıştım. ODTÜ'de gerçekleştirilen kursun hemen sonrasında pazar günü Almanya'ya, Bielefeld Üniversitesi'ne gitmek üzere yola çıktım ve geçtiğimiz hafta boyunca her gün 4'er saat D3 ile görüntülemenin nasıl yapılacağını anlattım. Resmi bir ders kapsamında ziyaretçi öğretim görevlisi (Gastdozent) sıfatıyla lisansüstü öğrencilerine verdiğim dersin başlığı Data Visualization With D3 Workshop, dersin resmi sayfasına da ilgili üniversitenin bu linkine tıklayarak ulaşabilirsiniz. Beni davet eden grubun 3 boyutlu hücre modelleme çalışmalarına ise http://cellmicrocosmos.org/ adresinden ulaşabilirsiniz.

3 Eylül 2014 Çarşamba

Veri Analizi ve Görüntüleme - 1

Bu yaz boyunca Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde gerçekleştirdiğimiz çalışmaları takip edenler farketmiştir, yeri geldikçe bol bol görüntüleme uygulaması yaptık ve D3 adlı JavaScript kütüphanesini kullanarak etkileşimli ve dinamik grafikler oluşturduk. D3'ün nasıl kullanılacağına ilişkin yazıları önümüzdeki haftalarda bu blogda takip edebilirsiniz; bu yazıda görüntülemenin felsefesi  üzerine bir giriş yapmayı planlıyorum.